Fue creada por la Ley de Experimentación Animal (Ley 18.611 "Utilización de animales de experimentación, docencia e investigación científica") sancionada por el Parlamento uruguayo en 2009. El Decreto Reglamentario fue aprobado con fecha 28 de marzo de 2014. Dispone los lineamientos para el trato adecuado de animales vertebrados durante su cría o utilización en actividades de experimentación, investigación o docencia en todo el territorio nacional. De acuerdo con las regulaciones internacionales vigentes, la CNEA vela por asegurar el máximo bienestar de los animales a través del establecimiento de normativas nacionales que promuevan la reducción del número de animales utilizados para estos fines y eviten el sufrimiento físico innecesario y promuevan la investigación en alternativas al uso de animales de investigación.